Melalui berbagai perjuangan, ide dan, keinginan tentang berdirinya sebuah lembaga pendidikan Islam setingkat MA di Jember. Pada tahun 1967 terkabullah sebuah keinginan tersebut, dengan didirikan sebuah lembaga pendidikan Islam setingkat MA di Jember.
Lembaga pendidikan ini pada mulanya diberi nama SPIAIN (Sekolah Persiapan Institut Agama Islam Negeri) Jember kemudian diubah namanya menjadi Madrasah Aliyah Agama Islam Negeri (MAAIN) hingga tahun 1981 yang kemudian sejak tahun 1981 dikukuhkan menjadi Madrasah Aliyah Negeri Jember (MAN). Baru terhitung mulai tanggal 23 Agustus 2004 resmi berganti nama menjadi Madrasah Aliyah Negeri 1 Jember.